Pacjenci, u których leczenie zachowawcze nie przynosi poprawy lub istnieje konieczność stałego stosowania leków są kandydatami do leczenia chirurgicznego. Powikłania choroby refluksowej przełyku (w tym przełyk Barretta, astma, przewlekły kaszel, chrypka itp.) stanowią kolejne wskazania do wdrożenia postępowania operacyjnego. Obecnie preferowanym zabiegiem jest laparoskopowa fundoplikacja sposobem Nissena
. Metoda ta jako jedyna pozwala na odtworzenie głównych składowych fizjologicznej.